肠神经官能症的临床表现主要是腹痛，腹胀，腹泻，便秘，或腹泻与便秘交替及大便性状的改变等。其中以肠易激综合征最常见。
肠易激综合征指的是一组包括腹痛，腹胀，排便习惯改变，大便性状异常、粘液便等表现的临床综合征，症状反复持续存在，经检查排除器质性的病变，是临床上最常见的一种功能性肠病。与胃肠动力学异常，内脏感觉异常，胃肠感染治愈后，肠道功能失调，精神心理障碍等因素有关。患者常伴有失眠焦虑抑郁等精神症状。起病隐匿，症状反复发作或慢性迁延，病程可长达数年至数十年，但全身健康状况却不受影响。最主要的临床表现是腹痛或腹部不适，排便习惯和粪便性状的改变。精神、饮食等因素，常诱使症状复发或加重。