离婚程序不同。民政局协议离婚的好处是方便，只要双方达成协议，就可以随时领取离婚证。而且法院达成调解协议的程序比较繁琐，需要先立案后开庭再判决。经济成本不同。民政局协议离婚经济成本低，法院调解离婚，无夫妻共同财产分割的，五十元；涉及财产分割的，按财产标的收费。
协议履行不同。从协议的履行来看，民政局协议离婚备案的离婚协议虽然有效，但不具有强制执行的效力。一方不履行协议内容的，另一方必须向法院另行起诉解决，协议中约定的内容不得到法律100％的支持。一旦发生纠纷，仍需法院判决，不确定性很大。通过法院达成的调解协议离婚，有法院出具的调解书，具有强制执行的效力。内容审查不同。从协议内容来看，民政局基本不审查离婚协议内容，双方可以协商一致。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第一千零七十八条 婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。