按照基本工资来扣除,因为提成是工作的绩效,不上班就不存在绩效。劳动合同没有底薪应当是不合法的，每个城市都有最低生活保障工资。这种条款会使工资低于最低生活保障工资，所以不合法。在没有底薪的情况下再有请假罚款的制度，应当也是不合法的。请假口工资是不合理的，可以申请劳动仲裁或向劳动监察部门反映。
法律依据：《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》 第五十六条 在劳动合同中，双方当事人约定的劳动者在未完成劳动定额或承包任务的情况下，用人单位可低于最低工资标准支付劳动者工资的条款不具有法律效力。