法律分析：社保和农村合作医疗保险的区别如下：
1、参保对象不同，农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民；
2、保障期限不同，农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇；
3、报销比例不同，农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高；
4、有无个人医保账户，农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十一条 新型农村社会养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金组成。参加新型农村社会养老保险的农村居民，符合国家规定条件的，按月领取新型农村社会养老保险待遇。