河海大学研究生教育始于50年代，是国家首批招收博、硕士生的单位和全国最早开展研究生教育的学校之一，是中华人民共和国教育部批准设立的56所研究生院之一，学校有1个一级学科国家重点学科，7个二级学科国家重点学科，10个省级重点学科。6个国家级以及省部级重点实验室、10个国家级以及省部级工程研究中心。12个博士后流动站，12个一级学科博士点，69个二级博士点，233个硕士点，18个工程硕士专业学位领域及工商管理硕士专业学位授权点和15个高等学校教师专业硕士学位授权点。
河海大学研究生院是国家高层次人才培养和科技创新的重要基地。研究生院坐落在南京市区风景优美的清凉山麓。培养领域覆盖了工、理、经、管、文、法等多学科，尤其是在水利学科研究生培养方面具有广泛的社会影响，是水利学科研究生培养基地。