禽流感患者多数轻症病例预后良好，且不留后遗症。某些病例病情发展迅速，出现重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、多脏器功能衰竭、败血症、休克及Reye综合征等多种并发症，可导致死亡。常见并发症包括：
原发性病毒性肺炎：多见于原有心肺疾病的患者，肺部病变以浆液性出血性支气管炎为主，患者常常因心力衰竭或周围循环衰竭而死亡。
继发性细菌性肺炎： 最常见的病原菌是肺炎链球菌，金黄色葡萄球菌或流感嗜血杆菌，病人病情逐渐加重，或在暂时的改善后临床症状进一步加重，咳嗽，咳脓痰，并且出现肺部实变体征，X 线发现肺部有片状和斑片状阴影。
心肌炎：有报道流感病毒性肺炎可以并发心肌炎。