流感嗜血杆菌根据不同的生化反应可分为6个生物型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ。致病者多为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型。根据荚膜多糖抗原性不同，可将有荚膜菌分为a、b、c、d、e和f6个血清型。b型致病力最强，其次为e和f。根据细菌外膜蛋白（OMP）又可分为不同的亚型。有荚膜者致病力大于无荚膜者。
已知荚膜类的乙型流感嗜血杆菌（或是b型流感嗜血杆菌，简称HiB）是毒性的主因之一，但感染流感嗜血杆菌的病因却仍未完全清楚。它们的荚膜能帮助它们抵抗在没有免疫的寄主体内的吞噬作用及不触发补体介导的裂解。没有荚膜的菌株则较少侵略性，但它们能诱发炎症而产生其他病症，如会厌炎。
无荚膜菌多引起继发性感染，可继发于流行性感冒、麻疹、百日咳、支气管炎的患者。感染后可产生抗荚膜特异性抗体而获得保护性免疫力。
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