1、一般计税方法下：
预交土地增值税＝预收款／（1＋11％）＊土地增值税预征率。
2、简易计税方法下：
预交土地增值税＝预收款／（1＋5％）＊土地增值税预征率。
为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，根据《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）：为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：
土地增值税预征的计征依据＝预收款－应预缴增值税税款。
一、土地增值税征收时间在什么时候
1、纳税人应在转让房地产合同签订后的7日内，到房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并向税务机关提交房屋及建筑物产权、土地使用权证书，土地转让、房产买卖合同，房地产评估报告及其他与转让房地产有关的资料。
2、具备下列情形之一的，纳税人应自满足清算条件之日起90日内办理清算手续。
（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的。
（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的。
（3）直接转让土地使用权的。
3、符合下列情形之一的，主管税务机关将要求纳税人进行土地增值税清算，纳税人应自接到清算通知之日起90天内办理清算手续。
（1）已竣工验收的，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85％以上，或该比例虽未超过85％，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。
（2）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。
（3）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
（4）省税务机关规定的其他情况。
二、土地增值税计算方法实例
某房地产开发公司出售一幢写字楼，收入总额为10000万元。开发该写字楼有关支出为：支付地价款及各种费用1000万元；房地产开发成本3000万元；财务费用中的利息支出为500万元（可按转让项目计算分摊并提供金融机构证明），但其中有50万元属加罚的利息；转让环节缴纳的有关税费共计为555万元；该单位所在地政府规定的其他房地产开发费用计算扣除比例为5％。试计算该房地产开发公司应纳的土地增值税。
答：（1）取得土地使用权支付的地价款及有关费用为1000万元；
（2）房地产开发成本为3000万元；
（3）房地产开发费用＝500－50＋（1000＋3000）×5％＝650（万元）；
（4）允许扣除的税费为555万元；
（5）从事房地产开发的纳税人加计扣除20％；允许扣除额＝（1000＋3000）×20％＝800（万元）；
（6）允许扣除的项目金额合计＝1000＋3000＋650＋555＋800＝6005（万元）；
（7）增值额＝10000－6005＝3995（万元）；
（8）增值率＝3995÷6005×100％＝66．53％；
（9）应纳税额＝3395×40％－6005×5％＝1297．75（万元）。