Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S
操作规程
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上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT 文件编号：HX-QT002 第 2 页，共61页 第A版 第0次修订 G2-S操作规程
UPLC Source TOF Quad Scan
发布日期：2013年4月25日 术语说明
Ultra Performance Liquid Chromatography
超高效液相色谱仪
Ion Source 离子源
Time of Flight 飞行时间质谱
Quadrupole 四级杆
Full scan 全扫描模式
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 3 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 目 录
1. 目的 ...................................................................................... 4 2. 适用范围 .............................................................................. 4 3. 设备、化学试剂、实验室备件 ......................................... 4 4. 仪器操作步骤...................................................................... 4 5. 维护保养 ............................................................................ 60 6. 记录 .................................................................................... 61
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 4 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程
1. 目的
规范Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S联用仪操作管理工作，确保技术人员对该仪器进行安全、熟练、高效、有序的操作。
2. 适用范围
适用于Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S的操作管理工作。
3. 设备、化学试剂、实验室备件
3.1设备： 序号 1 2 3 141-53-7
设备名称 安捷伦气相色谱 沃特世超高效液相色谱仪 沃特世四级杆-飞行时间质谱 型号 7890A Waters UPLC I-Class Waters SYNAPT G2-S 3.2化学试剂：亮脑啡肽(leucine enkephalin)：CAS: 58822-25-6 ；甲酸钠（NaFA）：CAS: 4. 仪器操作步骤
4.1 UPLC SYNAPT G2-S联用仪的开启
4.1.1 打开电脑，输入用户名：waters，密码：waters。 4.1.2 打开液相各个模块电源（没有顺序）。
4.1.3 打开氮气发生器的电源，确认压力指示100 psi；打开氩气减压阀确认压力指示在7 psi；高分辨质谱还需打开氦气减压阀确认压力指示在7 psi，此时关闭sample cone的isolation valve。
4.1.4 打开质谱电源开关，在质谱背面板右侧位置有四个黑色可以上下搬动的开关，按照从下到上的顺序依次将这四个开关搬到向上的位置。
4.1.5 等待约5分钟，待仪器与电脑网络通讯连接好，双击桌面Masslynx V4.1图标，
打开Masslynx软件，等待软件主窗口状态栏中部偏右位置出现Not Scanning的信息。 4.1.6 打开
MS Console窗口，左边栏依次选中Synapt G2 QTOF/Intellistart，在右侧
窗口中点击operate快捷图标。（点击operate图标后应该能听到外置真空泵发出很大噪音，随后声音逐渐变小）
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 5 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.1.7 打开MS tune窗口，单击氩气的控制开关，关闭氩气。等待右下角红色方块
变为绿色，表明仪器可以工作了（通常这个过程需要7-8个小时。可以从MS tune/view /vacuum中观察真空度的变化，当TOF的真空度小于1.2e10-6时，右下角红色方块会变成绿色），此时可打开isolation valve。
4.2 液相系统的灌注
准备流动相，如用到缓冲盐流动相需用0.22 μm的滤膜过滤，所有缓冲盐流动相和超纯水都要新配置，且使用不得超过两天；所有样品都要用初始流动相来溶解，并用0.22μm的滤膜过滤。
在MassLynx软件主界面点击Mass Console图标
，打开液相控制台窗口。选择
ACQUITY UPLC System界面下的Control/Prime A/B solvents，分别灌注A1、B1和A2、B2流路3 min；然后选择ACQUITY UPLC System界面下的Control/ Prime Seal Wash，灌注Seal Wash流路，观察Seal Wash管路没有气泡后，点击Prime Seal Wash，停止灌注Seal Wash；选择ACQUITY UPLC System目录树的Sample Manager，点击右侧的Control/Prime syringes，灌注进样针和洗针系统。
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4.3 新项目的建立
注：如在已有的项目下进行试验，此步骤可以不做。 4.3.1在MassLynx主窗口选择File/Project Wizard。
4.3.2当出现以下窗口时，点击Yes。
4.3.3 输入项目名称，点击Next。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 7 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.3.4 选择Create using existing project as template，点击Browse，选择新建项目的模板，点击Next。
4.4. 质谱质量数粗校
在MassLynx主界面点击Mass Tune图标Control下的三个按钮功能从左至右依次为：注管路。将实时校正液放在设置瓶号位置，点击
进入Mass Tune界面，LockSpray Flow 按设定流速进样、
停止进样、
灌
灌注管路，排除气泡。点击Sprayer
Position设定挡板位置在LockSpray；设定Reservoir为实时校正液瓶号位置（B）；设定Flow State为Infusion模式；设定Infusion Flow Rate，通常为5 μL/min；点击如图
按钮，进样，
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4.4.1 实时校正液（LE）进样，信号稳定后观察主峰的质量数，ES+时，（LE+H）+的准确质量数为556.2771，ES-时，（LE-H）-的准确质量数为554.2615，观察实测质量数与理论准确质量数的差别，如果其差值在±0.1则可省去粗校步骤；如果差值较大，进行粗校。 4.4.2 点击MS Tune主界面上部菜单的Setup，弹出下拉菜单，点击System View，在弹出的窗口输入密码：access，点击OK，进入system view模式。
4.4.3 在system view模式下点击上部菜单的System，弹出下拉菜单，点击Acquisition Settings，弹出质量数粗校窗口，如图
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4.4.4 在质量数粗校窗口右侧，勾选Calculate and set Veff，设定计算并设置Veff值；Reference Mass：输入LE（实时校正液）在该模式下的准确质量数，Measured Mass：输入刚观察到的实际检测质量数，点击Calculate，然后点击Update，质量数粗校完成。点击Close退出粗校窗口。
4.4.5 在System View窗口点击上部菜单的Setup，弹出下拉菜单，点击System View，弹出系统参数保存窗口，点击保存Both Tuning Parameters and System Setting，点击OK退出System View模式。
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4.5. 质谱质量轴校正
4.5.1在MassLynx主界面点击Mass Tune图标，进入Mass Tune界面。设置挡板位置Sprayer Position为Sample，设置Sample Flow Control参数，先将质量轴校正液NaFA放在对应位置，点击灌注图标
排除管路气泡。设定Infusion Flow Rate，通常为5-10 μL/min，Flow
。
State为Infusion，Reservoir为校正液所放位置，灌注完成后点击进样按钮
4.5.2在MassLynx主界面点击Mass Console图标，进入Mass Console界面，点击左边的目录树SYNAPT G2-S展开其目录，选中IntelliStart，点击右部菜单栏的Configure下拉菜单，单击Configure Mode，选中Create Calibration，单击界面右部的Start按钮，如图
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4.5.3弹出校正文件编辑向导。点击左下角Calibration Profile Editor按钮，进入Calibration Profile Editor界面，点击File\\New，建立新的校正文件，输入校正文件名称，如图。
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4.5.4 编辑校正文件。在Mass Range右侧点击Edit按钮，编辑质量数范围，通常设定质量数范围50-1200Da，如图
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4.5.5 设定校正类型，通常选择自动校正，如图。
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4.5.6点击正离子模式或负离子模式右下角的Edit键，编辑用于校正正离子模式或负离子模式校准物质，如图。通常选择甲酸钠为质谱质量轴校正物质，编辑完成后如图，点击OK退出校正文件编辑界面。
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4.5.7点击File\\Exit，又出现校正文件编辑向导首页，此时选中的校正文件就是刚编辑好的校正文件，点击Next。
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4.5.8 校正设置。此时选中的校正是正离子模式下灵敏度（Sensitivity）、分辨率（Resolution）、高分辨率（High Resolution）三种模式的质量轴校正，选择要做的模式，通过右边的勾去掉不需要模式下的校正；当需要做不止一种模式的质量轴较正时最好分开做。点击Next。
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4.5.9 校正数据采集参数设置，该界面可选择单级质谱模式或串联质谱模式；如果选择了串联质谱模式（MSMS），需打开碰撞压并设置其能量，点击Next，如图
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4.5.10 校正液流路设置，选择Tune Page，按照MS Tune界面的参数设置进样。
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4.5.11 设置校正文件可接受标准，选择ppm，在Threshold（ppm）输入1，表示各个质量数的允许残差为1ppm。点击Next，出现准备校正窗口，点击Start开始校正，如图
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4.5.12 校正完成后自动弹出校正报告，显示Pass，表明校正通过。 4.5.13 校正完成后，到MS Tune点击NaFA停止进样图标
停止进样。
4.6. 实时校正离子源优化
4.6.1 在MassLynx主界面点击Mass Tune图标，进入Mass Tune界面，设置LockSpray Flow Control参数。先将实时校正液LE放在对应位置，点击灌注图标
排除管路气泡。设定
Sprayer Position为LockSpray，设定Infusion Flow Rate，通常为5 μL/min，Flow State为Infusion，Reservoir为实时校正液所放位置，灌注完成后点击进样按钮
。
4.6.2 与质谱质量轴校正相同，在Mass Console界面的Configure Mode模式下，点击LockSpray Source setup，点击右部的Start按钮，进入到LockSpray Source setup编辑向导，点击Next进入LockSpray Source setup编辑窗口，点击Next。
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4.6.3在此页面点击左下部的LockSpray Profile Editor，编辑实时校正文件，弹出Lock Mass Editor窗口，点击File/New，建立新的实时校正文件。
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4.6.4实时校正文件编辑窗口，如图。在此页面编辑实时校正文件的名称，设定实时校正的参考物质（通常实时校正参考物质为LE），设定质谱模式（单质谱或串联质谱），设定正离子模式或负离子模式，选择相应的质量数。例如做单级质谱正离子模式的实时校正文件，见下图。参数设置完成后，点击OK，退出编辑窗口。
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注：如果设定为单质谱模式（Mode：MS），正离子模式选择质量数556.2771，负离子模式选择质量数554.2615；如果设定为串联质谱模式（Mode：MSMS），则需开启碰撞能量，正负离子模式除了单质谱模式选择的质量数外，可再添加一个响应较高的质量数。 4.6.5此时自动弹出Lock Mass Editor窗口，点击File/Exit退出。
4.6.6 回到LockSpray编辑向导界面，点击Next，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 28 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.6.7进入LockSpray Setup设置，设置自动或自定义Setup类型，选择Custom，点击Next，如图
4.6.8 设定LockSpray的锥孔电压及分析器传输，选择Tune Page的编辑好的参数，点击Next，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 29 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.6.9 设置实时校正样品流路，选择Tune Page，点击Next，如图
4.6.10 弹出窗口如下，点击Start，开始运行LockSpray Source Setup。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 30 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.6.11实时校正完成后自动弹出报告，显示Pass，表明实时校正通过。 4.6.12 实时校正设定完成后回到MS Tune界面，点击LE停止进样图标
停止进样。
4.7. 检测器设置
4.7.1 同4.6.1，设置LE进样参数。
4.7.2 在MS Console界面的Configure模式下，点击Detector Setup，点击右部Start按钮，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 31 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.7.3 进入Detector Setup向导，点击Next
4.7.4 进入Detector Setup编辑界面，点击Next，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 32 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.7.5 设置Detector Setup的样品流路，选择Tune Page，点击Next，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 33 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.7.6 弹出如下界面，点击Start。
4.7.7 Detector Setup完成后自动弹出报告。
停止进样。
4.7.8回到MS Tune界面，点击LE停止进样图标
4.8. 数据的采集
4.8.1 液相方法的编辑
在MassLynx主界面点击Inlet Method图标捷键，新建或打开已有的液相方法见下图
，编辑液相方法。点击新建或打开快
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 34 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
点击Inlet Method主界面上的Inlet图标，编辑流动相洗脱方法。选择相应的流动
相管路A1、B1、A2、B2（A1、A2不能同时选择，B1、B2不能同时选择），设置流动相洗脱梯度、Seal Wash（柱塞杆）清洗频率、Run Time（方法总运行时间）。
点击Inlet Method主界面上的Auto Sampler图标模式、强洗弱洗体积、样品室管理器温度。
，在General选项卡下设置进样
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 35 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
在该界面Column Manager选项卡下设置色谱柱位置、温度。
参数设置完成后，点击OK退出Inlet和Auto Sampler编辑界面，回到Inlet Method主界面，点击左上角File下拉菜单，将方法另存为XX.wvhp文件，如图
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 36 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.8.2 质谱方法的编辑
在MassLynx主界面点击
图标，编辑MS File方法文件。如图为MS File方法编辑
，新建一可打开已
，编辑实时校正；点击
编辑
窗口。点击新建或打开按钮新建或打开一个已有的MS File方法；点击个Function，双击已有的Function有的进行编辑；点击LockSpray图标方法事件。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 37 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.8.2.1 Function的编辑
在Acquisition选项卡下，设置此Function的采集时间、离子源、采集模式（包括极性、分析器模式、动态范围、灵敏度，通常后两者为默认值）。
在TOF MS选项卡下，设置采集质量数范围，Scan Time，数据类型（Centroid、Continue）。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 38 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
若Function为MS模式，则不需要对Trap CE Control和Transfer CE Control两个选项卡参数进行设置。
4.8.2.2 LockSpray参数设置
点击LockSpray图标
，编辑实时校正参数。选择采集实时校正并校正，调用
实验前做好的LockSpray Source Setup文件，设置实时校正采集参数，包括Scan Time、间隔时间、Scans to Average，质谱窗口，设置完成后点击OK。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 39 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.8.2.3 方法事件编辑
在MS File文件编辑主窗口，点击图标
编辑方法事件。勾选事件下的
Enable，使编辑的方法事件运行。通常方法中的事件包括以下4个，如图：
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 40 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.8.3 MS Tune方法的编辑
在MassLynx主界面点击MS Tune图标
，进入调谐方法编辑界面，如图。点击快
捷菜单栏的新建或打开按钮，新建或打开已有的调谐文件；点击正离子或负离子快捷键
，切换正负离子模式；点击灵敏度、分辨率、高分辨率快捷键
三种模式的切换；点击MS、MSMS快捷键点击
，打开或关闭载气氮气；点击
，实现
，实现单级质谱与串联质谱模式的切换；，打开或关闭碰撞气氩气。
设置好实验所需的条件后，在ES选项卡下编辑离子源毛细管电压、锥孔电压，离子源补偿、离子源温度、脱溶剂气温度、锥孔反吹气流速、脱溶剂气流速等参数。
在Fluidics选项卡下设置样品流路状态为LC，Spray Position为Sample。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 41 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
编辑完成后点击File\\Save as保存，实验时打开所需要的MS Tune文件即可。 4.8.4建立样品测试序列表
4.8.4.1 在MassLynx软件主界面编辑样品运行序列表。点击新建或打开快捷键，新建或打开已有的序列表，并根据需要添加行数。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 42 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.8.4.2 建立序列表时需包含以下信息：File Name、File Text（样品信息）、Bottle（样品瓶位置）、Sample Type（样品类型）、Inlet Method（液相方法）、MS File（MS文件），其他参数可以酌情增减。在此过程中，确保File Name的唯一性。序列文件编辑完毕后，通过运行此序列，所有样品将按顺序进样分析。
4.8.4.2 序列表编辑完成后，点击左上角File下拉菜单，将序列表另存为XX.SPL。如图：
至此，方法编辑流程结束，接下来将样品瓶放置在样品盘相应位置后，即可开始运行序列和方法，进行测试。 4.8.4.3 方法运行
运行已编辑好的序列表，左键拖动选中需运行的样品，单击主界面的运行图标
，出
现Sample List Run对话框，选中Acquire Sample Data，点击OK即可开始运行样品测试。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 43 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.9. 离子淌度分析
4.9.1 离子淌度采集参数设置
4.9.1.1 在MS Tune界面，将TOF调整到淌度模式，点击Acq Mode下拉菜单，选中mobility TOF。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 44 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
在TriWave控制界面，勾选Enable Manual Controls，试验中手动调整淌度参数。
检查Triwave DC是否是Bias：45（普通模式下是2.0，淌度模式是45）。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 45 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
淌度的推荐参数，IMS Wave Velocity：700；End Velocity：900。可根据实际情况调整此参数，使淌度图中总离子流图两端均能碰到基线，各提取离子的淌度峰能分离。若总离子流图两端高于基线，说明会有部分离子流到其他淌度时间段。
Gas Controls：调节各部位的气体流量，推荐值如下，Trap：2.0；Helium Cell：180，增加此值可减少Trap的碎片；IMS：90，调节此值可改变淌度的driftime。Trap\\Transfer Collision Energy根据实际需要选择和设置。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 46 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.9.1.2 淌度数据的采集
点击MS Tune上部菜单栏的三角形采集按钮Time Function。
，根据实际需要设置，勾选Add Drift
4.9.1.3 淌度数据的查看
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 47 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 在MassLynx主界面点击查看色谱图按钮，打开采集的淌度图，色谱图中Function 1是总离子流图，Function 2是淌度图。在MassLynx主界面点击Drift Score查看采集的淌度结果。
点击选取离子按钮，选择需要的形状，划取需要的离子。
导出谱图File—Export to MassLynx—Retain Retention Time/Drift Time。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 48 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 回到MassLynx主界面查看色谱和质谱图，点击查看色谱图按钮好导出的淌度色谱质谱图。
查看刚存
4.10. 数据分析
4.10.1 MarkerLynx分析
4.10.1.1 进行MarkerLynx分析前采样要遵循此原则：样品至少重复进样3次或更多（推荐5次平行）。
4.10.1.2在MassLynx主界面点击左侧的MarkerLynx选项卡，如图，进入MarkerLynx分析步骤。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 49 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.10.1.3 设置样品列表。
更改样品列表格式：在MassLynx主界面点击Sample下拉列表，选择Format\\Load，在弹出的对话框中选择Metabonomics，点击Ok退出。
分组排序：点击Sample下拉列表，选择Sort\\Sample Group，更改后将Sample List另存。如样品CPL1重复进三针，在其Sample Group均填A，样品CPL2重复进三针，在其Sample Group均填B。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 50 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.10.1.4 编辑方法（Edit Method）。
在MarkerLynx选项卡下点击Edit Method图标理方法界面编辑方法参数，如图
，编辑处理方法。首先在编辑处
Mass Exclusion List：Function：1；Analysis Type：Peak Detection；Noise Elimination Level：（Yes）6.0 默认值；Deisotope Data：Yes（是否去除同位素数据）；XIC Window（Da）：0.02。
Collection Parameters：Marker Intensity Threshold（Counts）：按基线设置，1000-10000；Mass Window：0.02；Retention Window：0.1。
Use relative retention Time：询问是否有内标，选择Yes则进入到Internal Standards选项下的Int Std中设置。
Model Mass List（通过顶部菜单栏导入TXT文本实现只监测或不监测某些质量数峰）：Import a mass List：不监测某些质量数峰；Import a model List：只监测某些质量数峰。事先通过TXT文本设置好需要监测或排除的精确质量数，每一个质量数为一行，存为TXT文本。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 51 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 Element Composition Method：事先导入元素组成界面设置好元素组成方法，设置范围需要相对较宽。将元素组成方法通过Save Settings另存为.els方法文件。
整个方法编辑完成后另存。 4.10.1.5 数据处理
在MarkerLynx选项卡下点击Process Sample图标
，处理数据。在跳出的对话
框中勾选Process Data、Create Marker、Extended Statistic（统计分析），或者只勾选Extended Statistic，则前两项自动勾选。选择Project、Sample List、Samples和Method，Samples可选择间隔样品，以逗号区分。点击Ok开始处理数据。
处理结束后，会自动弹出两个窗口，一个为Marker结果窗口Table View，一个为统计分析窗口XS。
4.10.1.6 Marker结果窗口Table View。整个窗口分为5部分，由上至下三个列表，最低层并排两个图，分别为：第一个列表为Sample Bar，是处理样品的信息；第二个列表为Marker Bar，是样品中所有质量数组分的信息，包括该组分在不同样品中的响应；第三个列表为Result Bar，是选中样品进行元素分析或谱库检索的结果显示窗口；左下角图为Chromatogram View，是Sample Bar中当前选中Sample的TIC图；右下角图为Trend Bar，是在Marker Bar中当前选中的质量数组分在不同样品中的差异比较图。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 52 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
在Maker Bar 中选择需要处理的样品，右键菜单中选择Add to New Result Tab或者Add to Current Result Tab，就将选中的Maker添加到了Result Bar列表中。
选中Result Tab，右键选择Elemental Composition可进行元素组成分析（需在处理方法中编辑和加载过元素组成分析方法）。选择Search Database by Elemental Composition，可得到元素分析检索的结果。选择Search Database by Mass，可得到谱库检测结果，View Hit Details 可查看检索结果的结构式。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 53 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
选择谱库：在Chromatogam View栏中右键选择Display Options，进入Database对话框，可选择谱库，Local谱库为本地谱库，勾选右边的Makers。可自己在MakerLynx主界面编辑添加，添加内容为质量数、结构式和备注。如果计算机为英文系统、时区为英国时区，而且计算机联网的情况下，可以使用Online谱库，包括Chemspider、Wiki等。
4.10.1.7统计分析XS View。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 54 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 在Process Data时若勾选了Extended Statistic项，则处理完成后自动弹出统计分析结果的XS View窗口；如果没有选择，或中途关闭，可选择从Table View窗口菜单栏最后一个XS图标
进入。为了使PCA图上的数据点标示简单清楚，在菜单栏将Lables和Color By
选项均选择为Sample Group。
双击Scores Plot进入可编辑状态。
根据顶部菜单栏，可选择不同形式的统计图：Scores Plot、Loadings Plot、Loadings Bi Plot：
Scores Plot为样品区分图，相同的样品会集中在同一个区域，样品平行性越好，位置越集中。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 55 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
Loadings Plot为质量数组分的分布图，可与Scores Plot对比观看，某个样品中含量高或者出现概率大的组分也会出现在样品的周边区域。在Loadings Plot中可以左键拖动选中感兴趣的组分，点击右侧Transfer Loadings Data可将选择的组分添加到Result Bar，进行元素组成分析或谱库检索。
Loadings Bi Plot为Scores Plot和Loadings Plot的叠加，可对比看结果。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 56 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
样品的两两对比可使用s-Plot，在Scores Plot中选取两组样品，在Marked Points选项卡下点击菜单栏Group Difference，弹出对话框中填写Name of Group Column、First Marked Group和Second Marked Group，勾选Create OPLS-DA model，得到s-Plot，数据点离Y轴越远，可靠性越高，离X轴越远，贡献率越大。可选取两样品中差异大于90%或95%以上的数据点，Transfer Loadings Data回到Result Bar进行元素组成分析或谱库检索。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 57 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
注意：s-Plot分析时Scale Type必须为Pareto，在Scores Plot主界面中，选择Template—Edit—Scale Type for X-variable 下拉列表中选择Pareto，修改完成后Save as Default设置为默认模板，以后打开数据均为Pareto格式。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 58 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 4.10.2 ChromaLynx分析
4.10.2.1 建立筛查库。用TXT文档建立筛查库；编写格式：化合物名称Tab键，化学式Tab键，保留时间（也可省去），回车，输入下一个物质信息；化学式区分字母大小写。 4.10.2.2 编辑数据处理方法（Identify Method）。
按照下列参数设置 Analysis Type：Targeted
Target mass file：选择对应筛查库文件
Combine parameters：Scans to combine either side of peak top scan：2（每个峰取五个点） Peak separation（Da）：0.02
其他参数（如关注保留时间区间和质量范围）请根据实际情况调整。
4.10.2.3 设置样品列表。
更改样品列表格式：Samples下拉菜单选择Format\\Load\\ChromaLynx Auto Processing。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 59 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
样品列表的Process栏：Identify，Parameter File栏：选择编辑好的数据处理方法。
4.10.2.4 数据处理
选择一个需要处理的数据（不要多选），点击上部菜单栏的三角形采集按钮，跳出的对话框勾选Auto Process Samples，等待处理完成。
View Identify Results查看结果，文件名自动保存为原始数据的名称，需多次处理请另存，以免覆盖结果。
点击File\\Export\\Target导出TXT格式的结果。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 60 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日
4.11. 关机
4.11.1 关闭Sample Cone的Isolation Valve。
4.11.2 打开MS Tune窗口，点击Vacuum\\Vent，在弹出的对话框中选择Yes。
4.11.3 等待约5分钟。在此过程中会听到分子泵降速的声音，也可观察MS Tune\\View\\Vacuum，6个Turbo Speed会逐渐下降，直至六个分子泵的转速均降至5以下，表明真空已经关闭。 4.11.4 关闭软件和电脑。 4.11.5 关闭所有液相模块。
4.11.6 关闭质谱电源（在质谱背板右侧位置有四个黑色的可以上下搬动的开关，按照从上向下的顺序依次将这四个开关搬到向下的位置）。 4.11.7 关闭氮气发生器的电源。
4.11.8 关闭氩气减压阀和氦气减压阀。至此关机结束。
5. 维护保养
5.1 仪器室要保持整洁、干净；配套设施布局合理。
5.2 仪器室温度相对温度，一般控制在20-25℃；相对湿度最好为50-70%。
5.3 仪器室电源要求相对稳定，电压变化小，防止意外停电，最好配备不间断稳压电源UPS，且UPS定期放电检查。
5.4 溶剂和流动相的要求：所有的流动相都要使用0.22um的滤膜过滤，水相要用前新配，并不得超过二天。样品必需使用0.22um的膜过滤。
上海衡欣检测技术有限公司 标题：Waters UPLC I-Class SYNAPT G2-S操作规程 文件编号：HX-QT002 第 61 页，共61页 第A版 第0次修订 发布日期：2013年4月25日 5.5 ESI离子化与溶剂密切相关，在使用某些溶剂和添加物需要注意以下几个方面：三氟乙酸（TFA）多用于蛋白质和多肽分析，但对ESI离子化有抑制效应；三乙胺（TEA）在m/z 102处有较强的[M+H]+峰，有可能会抑制某些碱性化合物在正离子ESI条件下的离子化，也有可能会增强某些碱性化合物在负离子ESI条件下的响应；
5.6要避免使用非挥发性的盐 （磷酸盐、硼酸盐和柠檬酸盐等）；表面活性剂、清洁剂和去污剂（会抑制离子化）；以及无机酸（硫酸和磷酸等）等。
5.7 实验完毕要清洗进样针、进样阀等，用过含酸的流动相后，色谱柱、离子源都要用甲醇/水冲洗，延长仪器寿命。
5.8 根据样品量及时更换预柱和预过滤器。
5.9 定期清洗样品锥孔，样品量较大时应每周清洁。清洗步骤：关闭隔断阀，取下样品锥孔，先用甲醇：水：甲酸（45：45：10）的溶液超声清洗10分钟，然后在分别用超纯水和甲醇各溶液超声清洗10分钟，待晾干后再安装到仪器上。当灵敏度下降时，需要清洗Source、二级锥孔和T-wave。
注：(1). 每次使用、维护完毕后，应当详细填写使用记录，包括柱子类型，遇到的问题、维护方法等。对实验中仪器的出错，应当详细填写具体的发生情况以及处理方法。未能处理的，应向他人求证，并告知下位使用者问题所在。每次使用仪器之前，应当查看使用记录，确认仪器的使用状态。
(2).每次实验前，选择实验所需的离子源正负模式、灵敏度分辨率和高分辨模式，做校正质量轴校正、实时校正离子源校正，编辑的采集方法中需选择本次所作的校正文件；检测器校正需要每1-2个月做一次。
(3). 在使用新柱前或放置比较久的色谱柱需预先老化以除去柱中残留的物质。
6. 记录
6.1. HX-QR143《仪器设备使用记录》 6.2. HX-QR144《仪器设备维护记录》
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