三小证和经营许可证的区别如下：
1、针对对象不同：食品小经营店备案证是各地针对“三小”即食品小作坊、小经营店和小摊点；食品经营许可证针对所有食品行业领域生产经营活动；
2、适用法律法规不同：食品小经营店备案证只适用各地方制定法规，食品经营许可证适用《餐饮服务许可管理办法》，为国家法律法规；
3、扮演身份不同：小作坊、小经营店和小摊点基本上无固定法定地点，多数为无工商营业执照，食品小经营店备案证扮演“临时身份证”角色；食品经营许可证只是行业经营许可凭证。
经营许可证办理流程如下：
1、首先填写好经营许可证的申请表；
2、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定安全管理制度；
3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明。
法律依据：《食品经营许可管理办法》第四条
食品经营许可实行一地一证原则，即食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证。
第五条
食品药品监督管理部门按照食品经营主体业态和经营项目的风险程度对食品经营实施分类许可。
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