就业协议书只能约定由毕业生承担的违约金

这个说法是错误的。能约定违约金的情形：
(1)劳动者违反服务期约定要求提前解除合同的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。从此规定看，假如没有培训费就不能约定违约金。
(2)用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者可以约定离职后竟业条款，为保证这些约定能够执行可以约定违约金。
除上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担的违约金。劳动法律有效地遏制了用人单位动辄在劳动合同中对劳动者约定高额违约金，阻碍劳动者自由择业、自由流动的权利，保障了劳动者的合法权利。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条 【服务期】用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条 【保密义务和竞业】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十四条 【竞业的范围和期限】竞业的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业期限，不得超过二年。