法律分析：保险公司在合同中规定等待期是有合法依据的，但在等待期结束后，如果被保险人确诊患有脑损伤重疾，保险公司应依据合同给予赔偿。
法律依据：
1.《保险法》 第二十六条 保险合同应当写明保险人和被保险人的权利、义务、责任、保险金额、保险期间、保险费、保险标的、免赔额、免责条款、保险金给付方式、可能影响合同效力的事项以及其他应当写明的事项。
2.《保险法》 第三十二条 保险人对于投保人的提问，应当如实告知。
3.《保险法》 第四十五条 保险人应当在约定的期限内承担给付保险金的责任。
4.《最高人民法院关于审理人身保险合同纠纷案件适用法律问题的规定》 第十条 保险合同中的等待期不得超过六个月。
5.《最高人民法院关于审理人身保险合同纠纷案件适用法律问题的规定》 第十二条 如果保险合同对于某些疾病或者伤残给付规定等待期，应当在等待期届满后，依照合同规定赔偿。
综上所述，保险公司在合同中规定等待期是合法的，但等待期届满后，被保险人确诊患有脑损伤重疾，保险公司应依据合同给予赔偿。
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