1) 甲醛(37%-40%溶液,12.3mol/L):配制100ml,37-40ml的甲醛溶液,加入
DEPC处理的水定容到100ml。 2) 甲酰胺(去离子)
3) 10×MOPS电泳缓冲液(1L)
a) 将41.8g的MOPS溶解于700ml灭菌的DEPC处理的水中,用2N的NaOH
调整到pH值为7.0。
b) 加20mlDEPC处理的1mol/L的乙酸钠和20ml DEPC处理的0.5mol/L
EDTA(pH=8.0),用DEPC处理的水将溶液的体积调整到1L。 c) 通过一个 0.45um的微孔滤膜过滤灭菌溶液,同时,将其在室温下避光贮
存。
4) RNA Loading Buffer (+EB):TaKaRa
2.配制含有2.2mol/L 甲醛的琼脂糖凝胶(100ml 1.5%)
1) 称量0.375g 琼脂糖到18ml灭菌水中,用微波炉法溶解琼脂糖,将溶液冷却至55℃。
2) 加入2.5ml 10×MOPS电泳缓冲液,4.5ml去离子甲醛,在化学通风橱中灌制凝胶。
3. 处理样品以及RNA marker
向4μl的RNA样品(RNA maker同理)中加入4μl RNA loading buffer,震荡混匀厚稍离心,然后65℃水浴10min,速冷后即可使用。 4. 电泳
电泳槽中加入1×MOPS缓冲液,于4~5V/cm电压下电泳,大约1h左右。
变性RNA在膜上的转移和固定 1 转移胶的制备:
1) 用DEPC处理的水淋洗胶。
2) 将胶浸入5倍体积的0.01mol/L NaOH-3mol/L NaCl中20min。
3) 将凝胶转移至一个玻璃干烤皿内,用锋利的刀片修去凝胶的无用部分以保证胶与膜对齐。
4) 用长和宽均大于凝胶的玻璃板作为平台,将其放在大干烤皿内,上面放一张滤纸。
5) 于干烤皿内倒入相应的转移缓冲液(带正电荷的膜用0.01mol/L NaOH-3mol/L NaCl)直至液面略低于平台表面,当平台上方的滤纸完全湿透后,用玻璃棒
或移液管赶走所有的气泡。 2 转移膜的准备:
1) 裁剪和胶一样大小的尼龙膜。
2) 将尼龙膜漂浮在去离子水表面直至全部湿透,然后讲膜进入10×SSC中至少5min。
3 转移系统的安装和RNA的转移:
1) 将胶倒转后置于平台上的滤纸中央,确保滤纸和胶之间无气泡。 2) 用保鲜膜围绕凝胶周边,而不是覆盖凝胶。
3) 在胶的上方覆盖湿润的尼龙膜,并确保胶与膜之间无气泡。
4) 用相应的转移缓冲液浸湿两张与胶大小一致的滤纸,放于湿润的尼龙膜上,用玻璃棒赶走所有气泡。
5) 剪一叠5~8cm厚,略小于滤纸的纸巾,放于滤纸之上,在放一块玻璃板,然后压上400g重物。 6) 转移过夜。
7) 拆除毛细管转移系统,用铅笔标明膜的正面,将膜转移至50ml 6×SSC中,于摇床上室温轻摇5min。
8) 从6×SSC溶液中取出凝胶,将多余的液体沥干后,将膜的RNA面向上放置于干的滤纸上数分钟。
4 RNA固定在带正电荷的尼龙膜上:
待膜在空气中晾干后,将干燥的膜夹在两张滤纸之间,120℃烤30min DIG-DNA标记以及纯化 1. 标记探针:
1) 加入1μg的模板的DNA,然后加入ddH2O到16μl。
2) 通过煮沸10min使DNA变性然后快速放入冰浴10min(完全变性对于有效标记探针很重要)。
3) 混合DIG-High prime并加入4μl到变性的DNA中,混合并简单离心,37℃孵育2hr。
4) 停止反应:65℃水浴10min。
2. 探针纯化(Mini Column DNA fragment):
1) 抖动mini spin,使其中的凝胶混匀,打开标帽,去掉帽尾。 2) 将mini spin放入一个Eppendorf管中,1000g离心1min。
3) 取新的Eppendorf管,将mini spin放入管中,将标记好的探针点在凝胶中央,1000g离心1min,收集离心后的液体。 预杂交及杂交
1) 预杂交:预杂交液5ml预热到42℃,将膜放入杂交瓶中,温育膜2hr。 2) 将预热的42摄氏度杂交液5ml放入密闭的塑料袋中,加入探针约250ng(每ml杂交液中50ng探针),混匀。将预杂交后的膜转移到密闭塑料袋中,42℃杂交过夜。 洗膜
1) 杂交后,将膜迅速转移至足够的2×SSC,0.1%SDS中连续震荡两次,每次5min。
2) 在68℃,用足够的0.5×SSC,0.1%SDS(提前预热到洗涤温度)连续震荡两次,每次15min。
免疫检测(地高辛杂交检测试剂盒Ι) 1. 制备试剂盒工作液 溶液 阻断液 抗体溶液 组分/制备 用顺丁烯二酸缓冲液1:10稀释10×阻断液,制备成1×工作液 每次使用前,需10000rpm离心抗Dig-AP酶结合物5min,从表面小心吸取所需的量。用阻断液按1:5000稀释抗体 显色底物液 2. 步骤
1) 在杂交和严谨洗涤之后,在洗涤缓冲液中浸润5min。 2) 在10ml阻断液中孵育30min。 3) 在10ml抗体溶液中孵育30min。
4) 在10ml洗涤缓冲液中洗涤2次,每次15min。 5) 在10ml 检测缓冲液中平衡5min。
6) 在避光条件下,于10ml新鲜制备的显色底物液中反应显色,在此过程中勿摇动。
7) 当达到所需的点或带强度后,用TE-缓冲液洗膜5min。
加200μl NBT/BCIP到10ml检测缓冲液中
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